השקשוקה הובאה לישראל על ידי העולים החדשים מצפון אפריקה: ממרוקו, מתוניסיה, מאלג'יריה, מלוב ומחצי האי ערב.
בסיס השקשוקה קבוע: עגבניות, שמן זית וביצים המבושלים על אש קטנה עם בצל ופלפלים, אך הוא משתנה מעט ממדינה למדינה.
בגרסה המסורתית והמקובלת, המוגשת במסעדות פועלים רבות, חלמון הביצה נותר בשלמותו בתבשיל, בדומה לביצת עין. גיוון אפשרי הוא הוספת נקניקיות כגון מרגז.
השקשוקה מוגשת בישראל לארוחת בוקר או ארוחת ערב. נהוג לאכול אותה עם הרבה לחם, אותו טובלים בביצה וברוטב.
תערובת התיבול מכילה ירקות ותבלינים לשקשוקה. את התערובת מוסיפים לעגבניות המבושלות לפני הוספת הביצים.
